Ο αρχαιολογικός χώρος της Αρχαίας Ζάκρου βρίσκεται 8 χιλιόμετρα νοτιοανατολικά από την Ζάκρο (39 χιλιόμετρα
από την πόλη της Σητείας). Το σημείο αυτό που σήμερα βρίσκεται η Κάτω Ζάκρος είναι και το ανατολικότερο σημείο της Μεγαλονήσου. Εδώ ανασκάφτηκε το 4ο μινωικό ανάκτορο της Κρήτης και το οποίο είναι το μοναδικό που βρέθηκε ασύλητο. Κτίστηκε περίπου το 1600 π.Χ αποτελούνταν από 180 διαμερίσματα και είχε έκταση 8.000 τετραγωνικά μέτρα.
Τις ανασκαφές στον χώρο άρχισε ο D. G. Hogarth αλλά ο κύριος ανασκαφέας του ανακτόρου είναι ο καθηγητής Πλάτων.
Το ανάκτορο της Αρχαίας Ζάκρου είναι μικρότερο από τα υπόλοιπα ανάκτορα αλλά έχει παρόμοια διάταξη με τα ανάκτορα της Κνωσού και της Φαιστού. Έχει κεντρική αυλή (πλακόστρωτη) γύρω από την οποία αναπτύσσεται το οικοδόμημα με λαβυρινθώδη διάταξη, με τρεις δυτικές εισόδους και μια κύρια είσοδο στην οποία υπάρχει και βωμός.
Στην δυτική πλευρά του ανακτόρου υπάρχουν τα δωμάτια των αξιωματούχων ενώ στην βόρεια πλευρά υπήρχαν αίθουσες συμποσίων, οι φωταγωγοί ενώ στην ίδια πλευρά βρέθηκαν μεγάλες λεκάνες οι οποίες είχαν λατρευτικό χαρακτήρα
Τα κυρίως διαμερίσματα και τα διάφορα εργαστήρια βρισκόταν στην ανατολική και νότια πλευρά αντίστοιχα.
Η τοποθεσία του ανακτόρου είχε μεγάλη σημασία γιατί στην περιοχή που ήταν κτισμένο μπορούσε να εμπορεύεται με την Ανατολή καθώς επίσης και με τα άλλα ανάκτορα του νησιού.
Στον χώρο βρέθηκαν και πολλά αγγεία τα οποία βρισκόταν μέσα στο θησαυροφυλάκιο του ανακτόρου.
Επίσης ανάμεσα στα τόσα ενδιαφέροντα ευρήματα ξεχωρίζουν μεγάλα ξίφη με φύλλα χρυσού, ελεφαντόδοντα, χάλκινα διακοσμητικά από την Κύπρο και ένας αμφορέας με παράσταση ενός ιερού κορυφής και αγριμιών.
Πολλά από τα ευρήματα αυτά βρίσκονται στα Αρχαιολογικά Μουσεία Σητείας, Αγ.Νικολάου και Ηρακλείου.
Το ανάκτορο της Ζάκρου έχει δύο κύριες οικοδομικές φάσεις: το παλαιότερο κτίσθηκε το 1900 π.Χ. περίπου, ενώ το νεότερο γύρω στο 1600 π.Χ. και καταστράφηκε όπως και τα άλλα κέντρα της Μινωικής Κρήτης, στα 1450 π.Χ.
Οι επισκέπτες σήμερα μπορούν να δουν ένα αρχαιολογικό χώρο σε πολύ καλή κατάσταση, καθαρό και προσεγμένο χάρις στη φροντίδα των λιγοστών ανθρώπων που με μεράκι και αγάπη για την σημαντική αξία αυτών των πανάρχαιων θησαυρών φροντίζουν και φυλάσσουν τον ανεκτίμητο αυτό τόπο.
Μινωική χελώνα.
Το περίεργο όμως που συμβαίνει σε αυτό τον χώρο και έχει ελκύσει την προσοχή διαφόρων ερευνητών είναι οι χελώνες που ζουν μέσα στα πηγάδια και στον αρχαιολογικό χώρο. Ενώ στην ευρύτερη περιοχή υπάρχουν στέρνες. πηγάδια και λιμνάζοντα νερά, συνθήκες δηλ. που θα επέτρεπαν τη διαβίωση της χελώνας, αυτές εμφανίζονται και ζουν μόνο μέσα στον χώρο του ανακτόρου. Γερμανοί επιστήμονες που έρχονται κατά καιρούς και τις μελετούν μιλούν για σπάνια χελώνα που πιθανόν να έχει επιβιώσει από την μινωική εποχή.